根据《劳动合同法》规定，自动离职并不必然导致工资被全部扣除，但用人单位有权扣除因员工擅自离职造成的直接经济损失，且扣除金额不得超过当月工资的20%。同时，如果员工未提前30天书面通知就自行离职，单位可主张其违反劳动合同约定，但工资扣除必须合法合理，不得随意克扣。实践中，常见扣款情形包括未交接工作导致的损失、培训费违约金等，但需有明确证据或合同约定。员工在自动离职后，应主动要求单位出具解除证明并结清工资，若遇无理扣款，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

【常见问题】

问题1：自动离职后公司扣工资合法吗？

回答1：自动离职后公司扣工资是否合法，取决于扣款理由。如果公司能证明员工自动离职直接造成了实际经济损失（如设备损坏、客户流失等），且扣款金额不超过当月工资的20%，则合法；否则属于违法克扣，员工可依法追讨被扣工资。

问题2：自动离职被扣工资，员工可以要求全额发放吗？

回答2：可以要求全额发放，但前提是扣款没有法律依据或超出合理范围。员工应保留考勤记录、工资单等证据，向劳动监察部门投诉或申请仲裁，主张单位返还被扣工资并支付赔偿金。

问题3：自动离职会不会影响上个月的工资发放？

回答3：自动离职通常不影响上个月已经出勤的工资发放，单位不得以离职为由扣发上个月的工资。但若员工离职时未完成工作交接导致单位损失，单位可从上月工资中扣除合理部分，但需符合法定比例。

问题4：自动离职扣工资超过20%怎么办？

回答4：根据《工资支付暂行规定》，因员工原因给单位造成经济损失的，每月扣除工资不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若超过20%，员工可向劳动监察部门举报，要求单位返还超扣部分。

问题5：自动离职没有办手续，工资还能要回来吗？

回答5：能要回来。自动离职未办手续不影响工资的法定支付义务，单位以未办手续为由拒发工资属于违法。员工应收集出勤记录、工作沟通记录等证据，通过劳动仲裁或法院诉讼追索被扣工资。