开创性的实时代码文章允许科学家们相互比较结果

在线期刊eLife创建了第一篇“计算可再现”的文章，其中的数字与生成它们所需的软件，数据和计算环境相结合。

读者可以更改底层代码并生成修改后的数字，以便更好地理解，验证或构建工作。例如，他们可以重新运行代码以查看没有异常值的图形，或者使用不同类型的图表来更有效地显示趋势。

研究人员说，可重复的文章，其中网上生活首次公布在其传统的格式，去年1，是迈向未来，报纸不仅仅是静态页面更是一个显著的一步。

“eLife正在做的是承诺升级研究文章，使其不仅仅是书面文字，而是这种多面通信媒介，其中包括数据和代码作为不可或缺的部分，”Lorena Barba说道，机械和华盛顿特区乔治华盛顿大学的航空航天工程师和可重复性专家。

根据英国剑桥eLife产品和用户体验负责人Giuliano Maciocci的说法，该文章是该期刊现在计划扩大规模的技术原型;想要利用类似功能的作者可以联系期刊进行考虑。

共享代码

这些技术将来可以让研究人员更容易地重复使用彼此的代码。用户无法上传他们自己的数据并将其添加到数字中，但Maciocci说，计划是让他们最终下载这些文章并在他们自己的计算机上运行它们，以便例如使用作者的代码分析他们自己的发现。

重复使用此类软件通常很困难，涉及令人困惑的相互依赖的工具集，每个工具都必须下载和安装。eLife的概念验证发布允许用户在文章正文中查看和执行代码，无需安装。“读者没有摩擦来执行代码并使用数据，”Barba解释道。

在Twitter上，纽约洛克菲勒大学的神经生物学家Cori Bargmann将这一发展描述为“未来的论文”。“新的eLife格式提供了更多共享数据和分析的机会，从而建立了彼此的工作，”Bargmann在后续电子邮件中补充道。

加州大学戴维斯分校的生物信息学家泰特斯布朗说，制作可重复文件的能力并不新鲜。研究人员可以通过将提供交互式实验室笔记本的Jupyter Notebook等工具与基于云的软件Binder相结合来自行完成，该软件允许其他人执行代码。“缺乏的是与发行商方面的整合，”Brown.c说

计算胶囊

一些期刊，包括F1000Research，GigaScience和Cell Press的标题，已经允许作者在他们的文章中从基于云的平台Code Ocean嵌入可执行的“计算胶囊”，代码和执行环境呈现为交互式小部件。2018年8月，Nature Methods，Nature Biotechnology和Nature Machine Intelligence与Code Ocean一起启动了一项试点计划，使用该公司的计算胶囊进行同行评审。

eLife是第一本使代码成为文章本身的一部分的期刊。

2月20日发布的增强型eLife文章描述了试图复制2012年论文2，该论文关于癌细胞中经常发生突变的基因如何影响其他基因的表达。该研究是作为再现性项目的一部分进行的：癌症生物学 - 一项评估肿瘤学研究结果可重复性的系统性工作 - 由弗吉尼亚州夏洛茨维尔的开放科学中心和加利福尼亚州帕洛阿尔托的科学交流中心领导。

使用一组名为eLife可重复文档堆栈的开源工具创建，其中包括Binder和一个名为Stencila Desktop的专用文档编辑器，可重复的文章看起来与其他任何文章一样，除了每个图形都装饰有一个小蓝色箭头。当用户单击该图标时，用于生成图形的编程代码将在实时内联文本编辑器中显示。当用户更改代码时，图形会更新，允许用户调整数据的显示(请参阅“计算再现性”)或测试删除异常值的效果。

炸药图

宾夕法尼亚大学佩雷​​尔曼医学院的生物信息学家Casey Greene指出，例如，该文章使用带有误差线的条形图总结了一些数据。这种配置有时被贬低地称为炸药情节，因为它与狂野的西式爆炸物雷管相似 - 并且它有可能掩盖基础数据。使用这篇可重复的文章，读者可以用另一种风格重新创建该情节，以更有效地揭示趋势。然而，他们还不能与其他读者分享这样的修改，这是Greene希望看到的一个特征。“对我而言，这对于这项技术来说将是明显的胜利，”他说。

根据Maciocci的说法，宣布这篇文章的博客文章是该出版商最受欢迎的，自2月20日以来有超过7,500个独特观点;该文章本身只有不到2,000名用户。“我们绝对有责任继续推进内容。”

他指出，该文章的所有软件都是开源的，可供任何感兴趣的出版商使用，但尚未与该期刊联系。

作为原型，该文章缺少参考文献和补充数据，但Macioci说这些将在未来的文章中提供。

对于研究作者，开放科学中心主任Tim Errington，该文件代表了研究文章本身的演变。“这可能是向我迈进的一步，作为研究人员，我不必将我的内容从我可重复的工作流程转移到扁平版本，以便您可以查看它 - 实际上有可能只暴露我所做的一切。 ”

他承认，现在还没有，但这是一个开始。“问题是，很好，现在我们做什么?我们如何继续做得更好?“